Nave espacial

Un mundo acuoso llamado Acuario que está destinado a destruir todo el planeta Tierra. ¿Puede el gran Yamato detener esta devastación?

La Tierra ha sido atacada por el Imperio de la Nebulosa Negra y amenaza con hacer estallar el planeta si son contraatacados. La tripulación del Yamato intenta desactivar la bomba.

Los Gamilons son una raza de alienígenas malvados que intentan destruir el planeta Tierra. Sin embargo, un grupo de civiles busca el acorazado Yamato para su viaje espacial y emprende una misión para traer un neutralizador que eliminará la radiación de la Tierra.

Los planes de boda de Susumu Kodai y Yuki Mori se posponen cuando la tripulación del Yamato debe presentarse para enfrentarse a otra amenaza de las estrellas. Un nuevo enemigo se ha apoderado de un cometa y está utilizando su terrible poder para desatar la destrucción sobre sus rivales e inferiores... que en realidad son todos. El Space Battleship Yamato regresa a la acción. Pero esta vez, no regresará, y gran parte de la tripulación del Yamato se ha inscrito para su último viaje.

17 años después de la última película, un agujero negro errante se acerca al Sistema Solar y seguramente destruirá toda la vida en la Tierra muy pronto. Se ha tomado la decisión de evacuar a toda la población de la Tierra, a un planeta más seguro a años luz de distancia.

La batalla con el White Comet Empire, Yamato finalmente regresa a la Tierra para obtener más miembros y ser inspeccionado para reparaciones. Cuando regresa a su planeta de origen, Desler, pero en su lugar encuentra la flota del Imperio de la Nebulosa Negra minando la Tierra en busca de su núcleo.