Dirigida por: Kazuchika Kise
Protagonizada por: Maaya Sakamoto,Ikkyû Jaku,Ken'ichirô Matsuda
La historia del anime se desarrolla en 2027, un año después del final de la cuarta guerra no nuclear. New Port City todavía se está recuperando de las secuelas de la guerra cuando sufre un bombardeo causado por una mina autopropulsada. Luego, un militar implicado en sobornos en el tráfico de armas es asesinado a tiros. Durante la investigación, Daisuke Aramaki de la Sección de Seguridad Pública se encuentra con Motoko Kusanagi, el hacker cyborg de nivel mago asignado a la Unidad Secreta 501 del ejército. Batou, un hombre con el "ojo que no duerme", sospecha que Kusanagi es el que está detrás del atentado. El detective de la policía de la prefectura de Niihama, Togusa, está investigando sus propios casos dobles de muerte por disparos y asesinato de una prostituta. La propia Motoko está siendo vigilada por Kurutsu y agentes cyborg, el jefe de la Unidad Secreta 501.